Здравствуйте! Да, поступление в магистратуру по специальности «логопедия» будет считаться получением второго высшего образования.
Объясню: у вас уже есть диплом бакалавра или специалиста по специальности «Управление персоналом» (вы указали, что учились очно 5 лет, что соответствует программе специалитета). Магистратура, даже если она в другой области (в данном случае логопедия), считается продолжением высшего образования. Однако в России, если вы уже имеете одно высшее образование (бакалавриат или специалитет), обучение в магистратуре по другой специальности часто рассматривается как второе высшее образование, особенно если первая специальность кардинально отличается от новой.
Поставьте, отзыв, если вас не затруднит.