Какие есть для этого осноаания?

Гарантии медицинского обеспечения членов семьи умершего пенсионера органов внутренних дел установлены ст. 11 ФЗ от 19.07.2011 N 247-ФЗ «О социальных гарантиях сотрудникам органов внутренних дел Российской Федерации и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»

которой предусмотрено, что 

6.1. За вдовами (вдовцами) сотрудников, погибших (умерших) вследствие увечья или иного повреждения здоровья, полученных в связи с выполнением служебных обязанностей, либо вследствие заболевания, полученного в период прохождения службы в органах внутренних дел, а такжеумерших граждан Российской Федерации, уволенных со службы в органах внутренних дел вследствие увечья или иного повреждения здоровья, полученных в связи с выполнением служебных обязанностей, либо вследствие заболевания, полученного в период прохождения службы в органах внутренних дел, до истечения одного года после их увольнения со службы в органах внутренних дел вследствие увечья или иного повреждения здоровья, полученных в связи с выполнением служебных обязанностей, либо вследствие заболевания, полученного в период прохождения службы в органах внутренних дел, право на медицинское обеспечение, санаторно-курортное лечение и оздоровительный отдых в медицинских организациях федерального органа исполнительной власти в сфере внутренних дел или уполномоченного органа в сфере войск национальной гвардии, предусмотренное частями 1, 3 — 6 настоящей статьи, сохраняется до повторного вступления в брак.

Таким образом, условием сохранения права на получение санаторно-курортного лечения является

— смерть уволенного сотрудника в следствие заболевания, полученного в период прохождения военной службы

-наступление смерти до 1 года после увольнения.

Поскольку папа у Вас был уволен в 2001 г., то на момент его смерти прошло более 1 года после увольнения, что и явилось основанием для отказа в предоставлении санаторно-курортного лечения.

Таким образом, если отказ был именно по указанному основанию — то он является законным.