Парень занимается медициной, его хотят подать в СОЧ А мне пишут с угрозами о том, что я его покрываю, так же грозят мне гражданской полицией, что меня будут караулить и так далее

В вашей ситуации важно действовать максимально юридически грамотно. Вот основные рекомендации:

Сбор доказательств угроз:

Сохраните все сообщения (скриншоты, переписки), записи звонков, аудио/видео материалы. Это будет основанием для возбуждения уголовного дела. 
Обращение в правоохранительные органы:

Подайте заявление в полицию по факту угроз (ст. 119 УК РФ — угроза убийством или причинением тяжкого вреда здоровью). Если угрозы связаны с профессиональной деятельностью парня, можно ссылаться на ст. 318 УК РФ (угроза представителю власти). 
Подача заявления:

В заявлении укажите:

обстоятельства угроз (даты, содержание сообщений);
данные лиц, от которых исходят угрозы (если известны);
приложите доказательства.
Защита от ложного доноса:

Если в отношении парня планируется заведомо ложный донос (ст. 306 УК РФ), можно подать встречное заявление о клевете (ст. 128.1 УК РФ). 
Обращение в прокуратуру:

Если полиция бездействует, направьте жалобу в прокуратуру. Они обязаны провести проверку.
Безопасность:

Установите приложения для записи звонков (например, «Автоответчик»);
Избегайте контактов с угрожающими лицами;
Рассмотрите возможность обращения в частное охранное предприятие, если угрозы носят систематический характер.
Важно: Не удаляйте переписку и не вступайте в конфликт. Все действия согласовывайте с юристом. Если у вас нет возможности нанять адвоката, обратитесь за бесплатной помощью в государственную юридическую клинику или правозащитные организации.