Или нельзя, если бывший муж будет против?

Да, выделить доли детям в равных частях (по ¼ каждому члену семьи) возможно, но для этого потребуется согласие бывшего супруга или решение суда. Вот ключевые моменты:

Обязанность выделить доли
При использовании материнского капитала вы обязаны оформить доли на всех членов семьи, включая детей, в течение 6 месяцев после погашения ипотеки. Это требование закона, независимо от развода. 
Совершеннолетний ребенок
Ваш 18-летний ребенок имеет право на долю наравне с остальными. Его согласие потребуется при оформлении документов.
Если бывший муж против

Добровольно: вы можете заключить нотариальное соглашение о выделении долей, если супруг согласен.
Через суд: если он отказывается, подавайте иск о разделе имущества с требованием выделить доли детям. Суд обяжет его выполнить обязательство, так как использование маткапитала предполагает выделение долей всем членам семьи. 
Размер долей
Закон не требует строгого равенства (например, по ¼), но доли детей должны быть пропорциональны сумме маткапитала в общей стоимости квартиры. Если маткапитал покрыл 50% стоимости жилья, детям выделяется не менее 25% на двоих (по 12,5% каждому). Однако на практике суды часто одобряют равное распределение (по ¼), если это не ущемляет права детей. 
Роль органов опеки
Для выделения доли несовершеннолетнему ребенку (12 лет) потребуется согласие органов опеки. Они проверят, чтобы его доля не была меньше установленной законом нормы. 
Что делать:
Попробуйте договориться с бывшим супругом и оформить соглашение у нотариуса.
Если согласия нет, подавайте иск в суд, приложив документы:

договор купли-продажи квартиры;
выписку из ЕГРН;
справку о погашении ипотеки;
сертификат на маткапитал;
доказательства использования маткапитала (справка из ПФР).
Суд, скорее всего, обяжет выделить доли, а их размер определит исходя из интересов детей и вложенных средств.