Добрый день, я отслужил в армии по контракту и после окончания контракта уволился в запас, но личное дело по

Здравствуйте!

вам за это ничего не будет. Потеря/утрата вашего личного дела — это проблема ведомств (части/военкомата), а не гражданина. В обязанностях граждан нет «сообщить о потере личного дела», и ответственности за это не предусмотрено. Ваши обязанности — состоять на воинском учёте, являться по повесткам, сообщать об изменениях и бережно хранить военный билет (если утрачивается именно он — тогда в 2-недельный срок обращаться за восстановлением). 

Что максимум может «всплыть», если проверят

Это только общая ответственность за нарушения по воинскому учёту (если они были):

неявка по повестке без уваж. причин — штраф 10–30 тыс. ₽;
несообщение об изменении семейного положения/работы/учёбы — 1–5 тыс. ₽;
несообщение о переезде без регистрации — 10–20 тыс. ₽;
несообщение о выезде за рубеж > 6 мес./въезде — 5–15 тыс. ₽.
Эти штрафы применяют только при наличии самого нарушения; факт утраты личного дела сам по себе основанием не является.  

Как спокойно «привести всё в порядок» (по желанию)

Проверьте себя в Едином реестре воинского учёта через Госуслуги (видно, стоят ли ваши данные, можно подать онлайн-заявление на корректировку).
Подайте в военкомат короткое заявление: «Прошу восстановить материал моего личного дела/внести сведения в ЕРВУ; к заявлению прилагаю копии документов». Обычно военкомат сам запрашивает недостающие бумаги из части/архивов. Обязанность состоять на учёте и сообщать изменения закреплена законом.  
Если вы офицер, недостающие подтверждения службы (приказы, присвоение званий) можно запросить в ЦА МО РФ; по рядовым/сержантам нужные материалы чаще хранятся в военкоматах/архивах округов.

Буду Рада плюсику, для меня это очень важно. 

Если мои материалы вам полезны, Вы можете отблагодарить меня по ссылке m.pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4241969/

даже 50-100 ₽ очень помогают продолжать писать и отвечать на вопросы. Спасибо за любую поддержку!

С уважением,

Набатова Екатерина