Но сотрудник сказал, что сейчас все штрафы выписываются на ИП, правомерно ли это?

Доброе утро)

Согласно статье 2.6.1 КоАП РФ, если индивидуальный предприниматель (ИП) управляет транспортным средством, которое используется в его предпринимательской деятельности, то за нарушения в области дорожного движения (кроме некоторых, например, пьяной езды), административная ответственность возлагается на самого ИП как на юридическое лицо.

Почему это так:

Вы были за рулем не как частное лицо, а как ИП, выполняющий свою коммерческую деятельность.
Требования к тахографу и путевому листу — это часть правил осуществления предпринимательской деятельности на автомобильном транспорте.
Сотрудник ГИБДД в данном случае оформляет нарушение не вас как водителя-гражданина, а вас как субъекта предпринимательской деятельности.
Таким образом, штраф будет выписан на вас как на ИП, он будет больше по размеру, и учитываться он будет в рамках деятельности вашего предприятия.