Может ли участок под домом принадлежать одному собственнику, а дом построенный на нем с использованием маткапитала по долям?

Здравствуйте! Нет, не может. Дом и участок связаны.

ЗК РФ Статья 35. Переход права на земельный участок при переходе права собственности на здание, сооружение

1. При переходе права собственности на здание, сооружение, находящиеся на чужом земельном участке, к другому лицу оно приобретает право на использование соответствующей части земельного участка, занятой зданием, сооружением и необходимой для их использования, на тех же условиях и в том же объеме, что и прежний их собственник.

Участок и построенный на нем дом юридически связаны и их правовой режим должен быть одинаковым, поэтому доли должны быть выделены всем членам семьи, включая детей, пропорционально использованию маткапитала. Земельный кодекс устанавливает, что все объекты, которые прочно связаны с земельным участком включая дом, следуют его судьбе.

Но если у Вас какие-то особые нюансы, то поясните. 

Здравствуйте,  Елена.

Немного не понятен вопрос, лучше проясните.

В теории и на практике также такие ситуации как исключение из практики встречаются несмотря на требования статьи 35 Земельного кодекса и принцип единства судьбы объекта недвижимости и участка под ним.

Если дом расположен на чужом земельном участке, то у собственника дома есть преимущественное право получения в аренду участка под домом или его выкупа без торгов в силу статьи 39.20 Земельного кодекса РФ если участок в собственности государства.

Если участок в частной собственности, то также собственник дома вправе требовать доступа к дому в преимущественном порядке.

участок под домом принадлежать одному собственнику, а дом построенный на нем с использованием маткапитала по долям?

Здравствуйте, Елена. 

Нет, в этом случае приходится выделять и участок в долевую собственность по Соглашению. 

Согласно п. 4 ст. 10 «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»
 
Статья 10. Направление средств материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий

4. Лицо, получившее сертификат, его супруг (супруга) обязаны оформить жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность такого лица, его супруга (супруги), детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению. 

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_64872/2189b09639d1af2baefd5a961675b0b99b8a7652/

ЗК РФ Статья 35. Переход права на земельный участок при переходе права собственности на здание, сооружение

1. При переходе права собственности на здание, сооружение, находящиеся на чужом земельном участке, к другому лицу оно приобретает право на использование соответствующей части земельного участка, занятой зданием, сооружением и необходимой для их использования, на тех же условиях и в том же объеме, что и прежний их собственник.

www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_33773/de716b33284cd356e3f6dcd32284df506a2883f7/

Добрый день! 

Согласно ст 287.1 ГК РФ 

Право собственности на созданные здание, сооружение, объект незавершенного строительства, помещение, машино-место возникает у собственника земельного участка, на котором расположены указанные объекты, если настоящим Кодексом, другим законом или договором не предусмотрено иное.

если участок принадлежит одному собственнику, то и права на дом зарегистрируют на него. После регистрации права и дом и землю по соглашению надо перевести в режим общей долевой собственности согласно требования Федерального закона «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» от 29.12.2006 N 256-ФЗ.

То есть при оформлении жилого дома в общую долевую собственность супругов и детей, земельный участок также должен быть оформлен в общую долевую собственность и супругов, и детей в тех же долях, что и сам дом. Необязательно, что эти доли будут равными (ст 1, 35 ЗК РФ ).