Здравствуйте, скажите пожалуйста у меня в доме прописан брат, дом взят под материнский капитал, я могу его выписать без его согласия?

Здравствуйте.

Да, в некоторых случаях можно выписать человека из квартиры без его согласия, но только через суд. 
Некоторые основания для принудительной выписки:
Фактическое отсутствие по месту регистрации.

Если человек отсутствует более 6 месяцев без уважительных причин, собственник может обратиться в суд с иском о признании его утратившим право пользования жильём. 
Прекращение семейных отношений.

Если между нанимателем и зарегистрированным лицом прекращены семейные отношения, наниматель вправе требовать снятия такого лица с регистрационного учёта.
Использование жилья не по назначению. Например, если прописанный использует жилплощадь не по назначению и нарушает права соседей. 

Не внесение коммунальных платежей. Собственник может требовать выселения такого лица через суд. 
Есть исключения, когда суд не нужен. Например, если прописанный физически не способен прийти в административный орган, потому что решением суда признан безвестно отсутствующим или умершим.