Во второй раз, когда выбью кассовый чек?

Здравствуйте!

На чём основан автоматический расчёт налога по АУСН:
ФНС считает налог по итогам каждого месяца на основе трёх источников: данных банка (уполномоченной кредитной организации), данных ККТ и сведений, которые вы при необходимости внесли в Личный кабинет. Это прямо прописано в ст. 12 ч. 2–3 и ст. 14 ч. 1 Закона № 17-ФЗ.  
Почему «двойной оплаты» не возникает
ФНС консолидирует источники и выводит единую налоговую базу/сумму за месяц в уведомлении (до 15-го числа следующего месяца); платёж делается до 25-го. Т.е. чек ККТ не добавляет второй налог, а лишь подтверждает операцию, учтённую в базе. Нормы: ст. 12 ч. 7–8 Закона № 17-ФЗ.  
Как банк передаёт данные и как вы их контролируете
Уполномоченный банк на следующий день после операции направляет в ФНС сведения по счёту/эквайрингу; вы можете подтвердить/скорректировать разметку «учитывать/не учитывать» до 7-го числа следующего месяца. Нормы: ст. 15 ч. 1–4 Закона № 17-ФЗ.  
Когда доход признаётся по дате ККТ, а когда — по дате поступления
Общее правило: доход признаётся по дате поступления денег; если по операции применяется ККТ, датой дохода считается дата формирования фискального документа. Норма: ст. 7 ч. 1 и ч. 4 Закона № 17-ФЗ. Это регулирует «пересечение» банковских и кассовых данных — учитывается одна дата, а не две.  
ККТ при АУСН всё равно нужна (для B2C/онлайн-платежей)
Обязанность применять ККТ не зависит от налогового режима (позиция ФНС) и закреплена Законом № 54-ФЗ. Исключение — безналичные расчёты между организациями/ИП без предъявления электронного средства платежа (B2B) — п. 9 ст. 2 54-ФЗ. Для оплаты физлицами с карты/онлайн-кнопки чек обязателен.  
Налоговые ставки и период на АУСН
Налоговый период — месяц; ставки: 8% «доходы» или 20% «доходы-расходы» (с минимальным налогом 3% для варианта «Д-Р»). Нормы: ст. 10; ст. 11; ст. 9 ч. 3–4 Закона № 17-ФЗ.  
Декларации по самому налогу нет
По АУСН декларация не подаётся — это закреплено в ст. 13 Закона № 17-ФЗ.  
Практика с онлайн-кнопкой оплаты

Платёж проходит через эквайринг → банк передаёт сведения в ФНС (на следующий день).
В момент оплаты формируете чек ККТ (он уходит через ОФД в ФНС).
ФНС сопоставит чек/поступление и посчитает налог один раз в вашем уведомлении в ЛК. Нормы: ст. 15 ч. 1 17-ФЗ; требования передачи чеков по 54-ФЗ.  

Если увидите «задвоение» в ЛК
Это можно исправить вручную: у вас есть окно до 7-го числа для подтверждения/корректировки банковской разметки операций. Норма: ст. 15 ч. 3 Закона № 17-ФЗ.  
Важно про регион/банк
Обмен данными и автоматический расчёт работает через уполномоченные банки; их реестр ведёт ФНС (см. ст. 3 ч. 5 Закона № 17-ФЗ и официальный сайт АУСН). Убедитесь, что ваш банк в реестре.  

Итог

Нет, «первый раз» банк не спишет налог сам по себе. Он лишь передаёт сведения и (по вашему согласию) может инициировать платёж одной рассчитанной суммы за месяц после уведомления ФНС. Нормы: ст. 12 ч. 7–8; ст. 15 ч. 1; ст. 12 ч. 10–11 Закона № 17-ФЗ.  
Чек ККТ обязателен для онлайн-оплаты физлицом, но сам по себе не создаёт «второй» налог — он лишь источник данных для единого расчёта ФНС. Нормы: п. 9 ст. 2 Закона № 54-ФЗ; разъяснение ФНС, что режим не влияет на обязанность применять ККТ.  

Буду Рада плюсику, для меня это очень важно. 

Если мои материалы вам полезны, Вы можете отблагодарить меня по ссылке m.pravoved.ru/pay/lawyer-reward/id/4241969/

даже 50-100-200 ₽ очень помогают продолжать писать и отвечать на вопросы. Спасибо за любую поддержку!

С уважением,

Набатова Екатерина