Нужно ли будет платить утиль сбор?

Здравствуйте! Да, обязательно. Утильский сбор платится при завершении процедуры растаможки (при выпуске автомобиля для свободного обращения на территории РФ). Он является одним из обязательных платежей. Без уплаты утиль сбора таможня не выдаст российский ПТС. На ввезённый автомобиль нужно было заплатить таможенные пошлины, сборы и НДС в течение 15 дней с момента представления автомобиля таможне.
Так как вы этого не сделали, таможня начислит пеню за просрочку платежа. Пеня составляет 1/300 ключевой ставки ЦБ РФ от неуплаченной суммы за каждый день просрочки.