Здравствуйте, пришли не все деньги по контракту, что делать

Здравствуйте, Эрнест!

Можете пожаловаться в военную прокуратуру.

Исходя из  данных, изложенных в Вашем вопросе можно сделать вывод о том, что имеет место нарушение норм действующего законодательства.

Согласно ч 1 ст. 1 ФЗ «О прокуратуре РФ», прокуратура Российской Федерации — единая федеральная централизованная система органов, осуществляющих надзор за соблюдением Конституции Российской Федерации и исполнением законов, надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина, уголовное преследование в соответствии со своими полномочиями, а также выполняющих иные функции.

Проверки прокуратурой проводятся на основании поступившей информации о фактах нарушения законов, требующих принятия мер прокурором

Обращение или жалобу в данном случае можно подать через интернет приемную на сайте прокуратуры.