Здравствуйте.
Первое. Если в договоре не предусмотрена возможность изменения цены с учетом НДС, то для правильного отражения НДС необходимо оформить дополнительное соглашение. В таком соглашении следует четко указать новый налоговый режим, что ранее плательщик был на УСН и не платил НДС, а с даты перехода включает НДС в стоимость аренды. Формулировка может содержать, например, что сумма аренды указана без учета НДС, а с даты перехода сумма изменяется с включением НДС по ставке 5%. Простое добавление фразы «в т.ч. НДС» не достаточно, важно отразить изменение налогового статуса и согласовать новую цену. Если этого не сделать, то при расчетах нужно будет применять расчетную ставку НДС как часть стоимости без увеличения цены. Изменения условий договора должны быть зафиксированы письменно и подписаны обеими сторонами, чтобы избежать споров
Минфин РФ в письме от 30.06.2025 № 03-07-11/63545 разъяснил порядок исчисления НДС арендодателями, применяющими УСН, при переходе на уплату НДС. В письме указано, что сумма НДС исчисляется дополнительно к арендной плате и предъявляется к оплате арендатору, при этом переход на НДС не является основанием для автоматического повышения арендной платы. Изменение цены возможно только по соглашению сторон или по условиям договора. При этом налоговая база по НДС определяется как стоимость аренды без НДС.
Ссылка на письмо от 30.06.2025 № 03-07-11/63545
https://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/412204540/
Второе. В дополнительном соглашении к договору аренды рекомендую указать следующую формулировку
«С 01.01.2026 Арендодатель переходит на упрощенную систему налогообложения с уплатой НДС по ставке 5% и становится плательщиком НДС в соответствии с Налоговым кодексом РФ. С указанной даты арендная плата включает НДС 5%. В случае перехода Арендодателя на иной налоговый режим (например, автоматизированная упрощенная система налогообложения), при котором операции по сдаче имущества в аренду не подлежат обложению НДС, сумма арендной платы определяется без учета НДС с момента смены режима налогообложения. О смене налогового режима Арендодатель обязан письменно уведомить Арендатора не позднее чем за 5 рабочих дней до даты перехода».
В случае необходимости могу оказать помощь в составлении документов, написании писем и участии в суде.