Здравствуйте хотим купить квартиру по жилищному сертификату сироты

Здравствуйте, Мари!

Вовсе не обязательно делать так, чтобы было два перечисление.

Можно договором предусмотреть, что оплата и за первую и за вторую долю производится на счет одного из собственников, а далее они уже сами между собой распределяют средства.

Принцип свободы договора закреплён в статье 421 Гражданского кодекса Российской Федерации

Таким образом законом предусматривать такие условия не запрещается, это вопрос договоренности (ст. 421, 555 ГК РФ).