Ранее я уже был судим по аналогичным статьям, но на данный момент помилован президентом РФ

Тот факт, что вы полностью возместили ущерб и потерпевший не имеет претензий, является существенным смягчающим обстоятельством (статья 61 УК РФ) и может повлиять на приговор (вид и размер наказания).
Однако уголовное дело по части 2 статьи 158 УК РФ (кража с причинением значительного ущерба гражданину) является делом публичного обвинения. Это означает, что примирение с потерпевшим (статья 76 УК РФ) и возмещение ущерба не являются безусловным основанием для прекращения уголовного дела. Окончательное решение принимает суд или следователь/дознаватель по согласованию с прокурором.