Если она подаст на алименты, будут ли учитывать те деньги что я ей высылал до подачи на алименты?

Добровольные выплаты до суда не зачитываются при взыскании алиментов за прошлое, так как находятся вне алиментного обязательства (ст. 116 СК РФ).

Взыскание за прошедший период возможно только при доказанном виновном уклонении плательщика (ч. 2 ст. 107 СК РФ).

Поскольку Вы добровольно перечисляли средства, оснований для взыскания за прошлое нет, но требуются доказательства переводов с указанием целевого назначения.