Здравствуйте!
Понимаю, что ситуация у вас нервная, когда времени впритык и всё упирается в формальности. Но тут, к счастью, всё не так страшно.
Если в согласии на покупку квартиры будут указаны данные регистрации, которые фактически уже не актуальны, но полностью совпадают с теми, что отражены в паспорте, то для нотариуса и для самой сделки это не создаёт каких-то автоматических юридических рисков. Нотариус действует строго по документу, и он вправе использовать именно те сведения, которые есть в паспорте, даже если человек давно выписан.
По сути, это согласие не подтверждает, где ваш сын живёт сейчас, а лишь идентифицирует его как личность. Неверные или устаревшие сведения о бывшей регистрации не делают согласие недействительным, потому что сам факт регистрации не влияет на его волю дать разрешение на сделку, и закон (в частности, ст. 35 СК РФ, ст. 163 ГК РФ о нотариальном удостоверении) не ставит действительность такого согласия в зависимость от актуальности адреса.
Последствия могут возникнуть только если бы речь шла об умышленном искажении личности, а здесь всё наоборот — данные берутся ровно из паспорта. Поэтому для Росреестра и сторон сделки такая ситуация обычно проходит спокойно. Когда сын потом поставит отметку о выписке или оформит новую регистрацию, согласие это не обесценит.
Так что можете не переживать, иногда бюрократия и правда сгибается под здравым смыслом.
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.