Или лучше подать жалобу на бумажном носителе заказным письмом?

Добрый день! 

обжаловать штраф МАДИ, если ТС зарегистрировано на юр.лицо,

 Именно в отношении юридического лица составлен административный материал о нарушении ПДД. 

Соответственно право на обжалование процессуального документа о привлечении к административной ответственности возникает именно у юридического лица, а не водителя, который непосредственно совершил нарушение. 

Защиту прав и законных интересов юридического лица, в отношении которого ведется производство по делу об административном правонарушении, или юридического лица, являющегося потерпевшим, осуществляют его законные представители. Законными представителями юридического лица в соответствии с настоящим Кодексом являются его руководитель, а также иное лицо, признанное в соответствии с законом или учредительными документами органом юридического лица. Полномочия законного представителя юридического лица подтверждаются документами, удостоверяющими его служебное положение. ( статья 24.5 КоАП РФ).

Таким образом, если отсутствует возможность обратиться электронно, то необходимо подать жалобу на бумажном носителе с приложением документов, подтверждающих полномочия представителя. Датой подачи жалобы является дата принятия отправления почтой или иной службой доставки.