Здравствуйте. Нет, основанием для отказа в регистрации ТС это не является. Ст. 19 ФЗ от 03.08.2018 N 283-ФЗ «О государственной регистрации транспортных средств в Российской Федерации и о внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации»
1. Запрещается совершение регистрационных действий:
1) в случае невозможности идентификации транспортного средства вследствие подделки, сокрытия, изменения и (или) уничтожения маркировки транспортного средства и (или) маркировки основного компонента транспортного средства;
2) в случае замены имеющего маркировку основного компонента транспортного средства на аналогичный компонент, не имеющий маркировки, если это препятствует идентификации транспортного средства, или на аналогичный компонент, имеющий идентификационный номер другого транспортного средства;
3) в отношении транспортного средства, снятого с государственного учета после утилизации;
4) в случае несоответствия регистрационных данных или конструкции транспортного средства сведениям, указанным в документах, идентифицирующих транспортное средство, за исключением регистрационных и иных данных транспортного средства, подлежащих изменению (внесению в документ, идентифицирующий транспортное средство) на основании представленных документов;
5) в отношении транспортного средства, которое находится в розыске либо основной компонент которого находится в розыске, за исключением случая прекращения государственного учета находящегося в розыске похищенного или угнанного транспортного средства.
Также наличие задолженности не указано как основание для отказа в Приказе МВД России от 21.12.2019 N 950 «Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации предоставления государственной услуги по регистрации транспортных средств»
92. Основаниями для отказа в совершении регистрационных действий в соответствии со статьей 20 Федерального закона являются:
92.1. Невозможность идентификации транспортного средства вследствие подделки, сокрытия, изменения и (или) уничтожения маркировки транспортного средства и (или) маркировки основного компонента транспортного средства.
92.2. Замена имеющего маркировку основного компонента транспортного средства на аналогичный компонент, не имеющий маркировки, если это препятствует идентификации транспортного средства, или на аналогичный компонент, имеющий идентификационный номер другого транспортного средства.
92.3. Снятие транспортного средства с государственного учета после утилизации.
92.4. Несоответствие регистрационных данных или конструкции транспортного средства сведениям, указанным в документах, идентифицирующих транспортное средство, за исключением регистрационных и иных данных транспортного средства, подлежащих изменению (внесению в документ, идентифицирующий транспортное средство) на основании представленных документов.
92.5. Наличие сведений о нахождении транспортного средства или основного компонента транспортного средства в розыске, за исключением случая прекращения государственного учета находящегося в розыске похищенного или угнанного транспортного средства.
(в ред. Приказа МВД России от 12.02.2025 N 48)
92.6. Неуплата в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, государственной пошлины за осуществление юридически значимых действий, связанных с регистрацией транспортных средств.
92.7. Обращение в регистрационное подразделение лица, не являющегося владельцем транспортного средства и (или) не имеющего полномочий его представлять.
92.8. Непредставление документов, необходимых для совершения регистрационных действий в соответствии с порядком регистрации транспортных средств, либо представление документов, исполненных карандашом либо имеющих подчистки или приписки, зачеркнутые слова и иные не оговоренные в них исправления, а также документов с повреждениями, не позволяющими однозначно истолковать их содержание.
92.9. Отсутствие электронного паспорта транспортного средства (электронного паспорта шасси транспортного средства) со статусом «действующий» в системе электронных паспортов в отношении транспортного средства (шасси транспортного средства), на которое оформлен электронный паспорт.
92.10. Непредставление транспортного средства для осмотра в случаях, предусмотренных частью 1 статьи 16 Федерального закона.
92.11. Наличие запретов и (или) ограничений, наложенных в соответствии с законодательством Российской Федерации.
92.12. Наличие сформированного в Едином реестре сведений о гражданах, подлежащих первоначальной постановке на воинский учет, гражданах, состоящих на воинском учете, а также о гражданах, не состоящих, но обязанных состоять на воинском учете <1>, решения о принятии временных мер, направленных на обеспечение явки по повестке военного комиссариата, в отношении физического лица.
92.13. Обращение в регистрационное подразделение владельца транспортного средства, не уплатившего утилизационный сбор в течение срока и в случаях, которые установлены Правительством Российской Федерации, для постановки ввезенного в Российскую Федерацию физическим лицом транспортного средства (в отношении которого Федеральной таможенной службой представлены сведения в отношении уплаты утилизационного сбора в размере и порядке, установленных Правительством Российской Федерации) на государственный учет или внесения изменений в регистрационные данные такого транспортного средства в связи со сменой его владельца.
По итогу отказать Вам не могут, проблем быть не должно.
При отсутствии запретов на регистрацию самого ТС проблем не должно быть.