Возможно ли физически через мфц заменить внутренний паспорт РФ?

Однозначно, его можно заменить через МФЦ, но получать новый, придётся лично. 

Кто может поменять паспорт в МФЦ
Подать заявление на замену документа через «Мои документы» могут граждане РФ, только в отделениях по месту постоянной или временной регистрации, по ряду причин:

лица достигшие 14 лет;
лица достигшие 20 лет;
лица достигшие 45 лет;
граждане желающие изменить фамилию в установленном законодательством порядке;
лица прошедшие процедуру смены пола;
лица утратившие действующий паспорт, или пришедший в непригодное состояние;
при обнаружении неточностей в документе или технических ошибок, что автоматически делает его недействительным;
при изменении внешности в результате пластической операции, несчастного случая, скоротечного старения.
Документы необходимо подать в течении 30 суток, но не раньше дня рождения, согласно постановления правительства России номер 828 от 8 июля 1997 года.      Портал Госуслуг.    gosuslugi.ru/