Но я никогда не пользовалась правом на возврат 13% при покупке недвижимости

Здравствуйте, Анастасия!

Краткий вывод: Вы не можете использовать имущественный вычет при покупке недвижимости для уменьшения налога с продажи унаследованной квартиры. Налог с продажи будет исчисляться с суммы, превышающей 1 млн рублей (или документально подтвержденные расходы наследодателя, если они больше 1 млн рублей).

Здравствуйте!

Я так понимаб, что необлагаемы налогом всего 1 миллион, а с остальных 2,4 млн мне придётся заплатить налог

Есть еще варианты.

Если наследодатель квартиру купил, вы можете зачесть его расходы и посчитать налог с разницы.

Если у вас есть дети до 18 лет (два и более) + купите новое жилье, налог можно не платить независимо от срока владения.

но три года еще не прошло

От какого момента считаете этот срок? Нужно от даты смерти. 

Вычет при продаже (1 млн) и вычет при покупке — разные истории. «Взаимозачёт» 2 млн возможен только если у вас есть право на вычет по покупке и есть подтверждённые расходы на приобретение жилья. Если вы ничего не покупали и расходов нет, просто уменьшить доход на 2 млн не получится. Часто выгоднее подтвердить расходы наследодателя/оценку, чтобы снизить налог. Я рассчитаю оптимальный вариант и подготовлю пояснение для декларации. могу оказать развернутую детальную платную консультацию или нужна помощь с составлением документа — смело пишите мне в чат (Общаться в чате)