Здравствуйте!
Да, сотрудники полиции имеют право останавливать любое транспортное средство, если есть подозрение на нарушение ПДД, вне зависимости от того, кто находится за рулём. Это касается и электровелосипедов, особенно если они мощные или подпадают под категорию транспортного средства, требующую водительских прав.
Если у вас нет нарушений, кроме отсутствия прав, то законность остановки не зависит от должности начальника МРЭО — он имеет такие же полномочия, как любой сотрудник полиции. Важно, что электровелосипед с мощностью выше определённого порога считается транспортным средством, для управления которым нужны права, поэтому остановка для проверки документов и возможного нарушения была законной.