Или брачный контракт и так не будет действительным так как я выделю доли и мужу и ребенку?

Как только вы внесли материнский капитал, ваш брачный договор в части этой квартиры перестает действовать в полной мере.
Закон о маткапитале (ФЗ №256) обязывает выделить доли всем членам семьи: вам, детям и мужу.
Верховный Суд РФ разъяснил: обязательство по маткапиталу «сильнее» брачного договора. Даже если в договоре написано, что квартира только ваша, муж обязан получить в ней долю (как минимум эквивалентную его части в маткапитале).

Налоговый вычет — это персональная льгота. Если вы уже вышли на пенсию и у вас нет дохода, облагаемого НДФЛ (13%), вы «повисаете» с остатком.
Передать свой остаток мужу нельзя: Лимит в 260 000 руб. (с 2 млн) и 390 000 руб. (с процентов) у каждого свой.
Но! Если муж ранее не исчерпал свой лимит вычета, он может заявить вычет по этой квартире как законный супруг. Поскольку квартира куплена в браке, она считается совместной собственностью (даже при наличии брачного договора, если налоговая увидит вложение маткапитала и выделение долей).
Важно: Если в брачном договоре был установлен режим раздельной собственности, налоговая может отказать мужу в вычете, пока он не станет официальным собственником доли.

Расторгать его специально не обязательно, но при выделении долей вам придется составить Соглашение о выделении долей, которое фактически изменит условия брачного контракта.
Обычно это делается через нотариуса. Нотариус укажет, что во исполнение закона о маткапитале доли выделяются всем, включая супруга.
После регистрации долей в ЕГРН ваш муж станет полноправным собственником. С этого момента он точно сможет подать на налоговый вычет по этой квартире (если ранее его не использовал).