Да, отметка в базах данных пограничной службы при пересечении границы с Абхазией по внутреннему паспорту будет сделана в любом случае.
Хотя для поездки в Абхазию загранпаспорт не нужен и достаточно внутреннего паспорта РФ, факт пересечения государственной границы РФ фиксируется пограничными органами (входящими в структуру ФСБ России). Эти сведения вносятся в централизованные базы данных вне зависимости от того, какой документ вы предъявили.
Однако для вас как для лица с допуском к гостайне важно другое. Существует отдельный порядок контроля, основанный на Указе Президента РФ № 429 от 20.05.2024. Этот указ обязывает вас заблаговременно (не позднее чем за 30 дней) уведомлять о предстоящей поездке, указывая страну, цели и адрес пребывания .
При этом для проверки соблюдения вами условий выезда ваш работодатель (или иное уполномоченное лицо) имеет право запросить у вас сведения о пересечении границы. Поскольку у вас нет загранпаспорта с физическими штампами, контрольные органы будут руководствоваться данными из своих электронных баз, куда информация поступила при вашем проходе через пункт пропуска «Адлер» .
Таким образом, сам факт пересечения фиксируется всегда, но для вас юридически значимым является не столько наличие штампа, сколько соответствие вашей реальной поездки тому уведомлению, которое вы подали в ФСБ.
Если вам нужна подробная письменная консультация с анализом документов или составление процессуальных бумаг по вашей ситуации, вы можете обратиться ко мне в личные сообщения (чат). Вот ссылка: pravoved.ru/lawyer/4433920/