Здравствуйте, Алексей!
Порог 2,4 млн. руб. сам по себе не является установленным в законе критерием для проверок. Насколько я понимаю, речь в Вашем вопросе идёт о развитии механизмов налогового администрирования и обмена информацией между ФНС России и ЦБ РФ, в целях контроля незадекларированных доходов.
Если доход проходит через самозанятость, то он уже имеет определённый налоговый статус. Согласно ст.11, 14 Федерального закона от 27.11.2018 №422-ФЗ налогоплательщик обязан фиксировать полученные доходы (через приложение «Мой налог») и уплачивать налог, а также передавать в налоговый орган соответствующие сведения. Это означает, что такие доходы налогоплательщиком уже учтены и задекларированы.
Соответственно, доход, отражённый в режиме НПД, является легализованным и облагаемым налогом и не относится к категории неподтверждённых доходов.
С учетом изложенного, доход самозанятого не вычитается из условного порога, а изначально не попадает в категорию риска, поскольку он задекларирован и облагается налогом в рамках закона №422-ФЗ. Контроль, о котором идёт речь, направлен на выявление именно незадекларированных поступлений, а не доходов, уже учтённых в установленном порядке.
если речь не о налогообложении то учитываются все поступления, для налогообложения поступления должны разносится по соответствующим налоговым режимам