Здравствуйте! Ситуация здесь обычно связана не с «новым правилом», а с тем, что при выдаче паспорта в 38 лет вопрос воинского учёта, вероятно, был решён формально или с ошибкой.
По закону гражданин РФ, подлежащий воинскому учёту, должен быть поставлен на него вне зависимости от того, когда он получил паспорт. Если человек не служил, но по возрасту и состоянию здоровья не освобождён от воинской обязанности, он обычно обязан состоять на учёте до 50 лет (для рядового состава) или до иных предельных возрастов в зависимости от категории.
Почему могли сказать «не надо вставать на учёт» при первом получении паспорта — такое иногда бывает, если в военкомате не оформляли дело, не было данных, или сотрудники МФЦ/МВД дали неправильную консультацию. Это не отменяет самой обязанности по закону.
Сейчас, при оформлении нового паспорта, сотрудники видят, что отметки о воинском учёте нет, и поэтому требуют сначала урегулировать этот вопрос. Это стандартная практика: паспорт могут не оформить до постановки на учёт или предоставления документов из военкомата.
Что можно сделать: брату нужно обратиться в военкомат по месту регистрации, там восстановят или заведут учётное дело, проведут проверку документов и определят категорию (служил/не служил, годен/ограниченно годен/не годен). После этого выдадут справку или отметку, с которой уже оформляется паспорт.
Отдельно важно: в 45 лет это не выглядит как ситуация призыва, но как формальное «закрытие пробела» по воинскому учёту — да, это сейчас часто требуют при любых регистрационных действиях.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!