Здравствуйте!
Лишить его наследства сейчас уже не получится. Наследство «теряется» только если человек не принял его в установленный срок — как правило, это 6 месяцев после смерти. Но даже если он ничего не оформлял, это не всегда значит, что он окончательно утратил право. Он может попытаться восстановить срок через суд, если заявит уважительные причины, либо доказать фактическое принятие (например, если был зарегистрирован в доме и формально пользовался имуществом).
В вашей ситуации важнее другое. Если вы с братом уже вступили в наследство и оформили свои доли, а третий брат ничего не сделал, то фактически он сейчас не является собственником. Но его регистрация (прописка) сама по себе не даёт права собственности, это разные вещи.
Что можно сделать на практике. Если он действительно не принял наследство и не оформил право собственности, вы можете спокойно распоряжаться своими долями. При этом, если он просто прописан и не живёт, можно через суд снять его с регистрационного учёта как фактически не проживающего. Также можно оформить дом полностью на себя с братом, если нотариально всё уже закрыто.
Если же он в будущем объявится и попытается восстановить срок, тогда вопрос будет решаться в суде, и вам нужно будет доказывать, что причин для восстановления не было.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!