Здравствуйте. Сам по себе факт, что имущественный вычет уже был перечислен на счёт, не лишает вас права заявить социальный вычет на лечение за тот же налоговый период.
Правовая основа: ст. 219 НК РФ даёт право на социальный налоговый вычет по расходам на лечение, ст. 220 НК РФ — на имущественный вычет, а ст. 81 НК РФ позволяет подать уточнённую декларацию, если в первичной декларации сведения были отражены не полностью. Поэтому вы вправе подать уточнённую 3-НДФЛ и добавить в неё расходы на лечение.
Но есть важный момент: уточнённая декларация должна включать все ранее заявленные вычеты, то есть и имущественный вычет, и добавленный вычет на лечение. ФНС также разъясняет, что в уточнённой декларации нужно отражать все вычеты из первичной декларации, а не только новый добавленный вычет.
Если налоговая просит убрать лечение только потому, что имущественный вычет уже выплачен, это неправомерно. Другое дело, если за соответствующий год весь уплаченный НДФЛ уже возвращён по имущественному вычету. Тогда дополнительной суммы к возврату по лечению может не быть, потому что вернуть можно только фактически уплаченный НДФЛ за год. Но само право заявить лечение вы не теряете.
Что делать: подайте письменное пояснение в ИФНС, что уточнённая декларация подана по ст. 81 НК РФ для дозаявления социального вычета по ст. 219 НК РФ, при этом ранее заявленный имущественный вычет по ст. 220 НК РФ сохраняется. Просите письменно указать правовое основание, по которому ИФНС требует исключить вычет на лечение.
Если официально вынесут отказ — его можно обжаловать в вышестоящую налоговую инспекцию.