Добрый вечер, Фатима!
В Вашей ситуации еще можно попытаться снизить штрафы. Можно подать жалобу в УФНС.
Основной довод — штраф 40% возможен только при доказанном умысле, а сам факт снятия вычетов по НДС еще не доказывает умышленную неуплату налога.
Поэтому нужно просить отменить штраф 40%, переквалифицировать нарушение на штраф 20%, а также дополнительно снизить штраф с учетом смягчающих обстоятельств: тяжелое финансовое положение, банкротство, исполнение госконтрактов, работа со школами и поликлиниками, риск срыва социально значимых обязательств.
Надо смотреть, чем инспекция обосновала умысел: подконтрольность спорных ООО, формальный документооборот, транзит денег, отсутствие ресурсов у контрагентов и т.д. Если доказательства слабые, можно просить переквалифицировать с п. 3 ст. 122 НК РФ на п. 1 ст. 122 НК РФ, то есть с 40% на 20%.
Возможность обжаловать решение ИФНС после его вступления в силу предусмотрена абз. 2 п. 2 ст. 139 НК РФ. Если решение о привлечении к ответственности не было обжаловано в апелляционном порядке, налогоплательщик вправе подать жалобу в вышестоящий налоговый орган в течение одного года со дня вынесения решения.
Одновременно нужно подавать возражения в деле о банкротстве по требованиям ФНС, особенно в части штрафов и пеней.
По ст. 137 Закона о банкротстве штрафы, пени и иные финансовые санкции учитываются отдельно в реестре и удовлетворяются после основной задолженности и процентов.
Если организация не обжаловала в административном порядке взыскания и штрафы налогового органа, это напрямую влияет на возможность дальнейшего обращения в суд и на процессуальные последствия.
Для многих случаев НК РФ установлен обязательный досудебный порядок обжалования. Это означает, что прежде чем обращаться в суд, необходимо направить жалобу в вышестоящий налоговый орган.
Обязательному досудебному порядку обжалования подлежат решения о привлечении либо об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения. Т.е. досудебной процедуре обжалования подлежат только такие решения, в которых отражены нарушения, установленные ст.ст. 120, 122, 123 НК РФ.
Выявление предусмотренных данными статьями нарушений возможно в ходе налоговых проверок, соответственно, досудебный порядок применятся к решениям о привлечении или об отказе в привлечении к ответственности, выносимым по результатам проверок. Это вытекает из положений п.9 ст. 101 и п. 2 ст. 101.2 НК РФ об апелляционном порядке обжалования актов налоговых органов.
Соответственно без предварительного административного обжалования организации могут обращаться в суд за защитой своих прав, нарушенных такими ненормативными актами налоговых органов, как решения о привлечении к ответственности по ст.ст. 116-119, 124-129, 129.1, 129.2 НК РФ и
решения об отказе в возмещении НДС.
То есть если речь идет об отказе в возмещении НДС, то у организации есть возможность обратиться в арбитражный суд с обжалованием данного решения налогового органа, если не пропущен общий трехмесячный срок на обжалование решения налогового органа по п. 4 ст. 198 АПК РФ, который исчисляется с учетом положений п. 5 ст. 101.2 НК РФ.