Но выписать сына не получится так как помимо доверенности требуется его паспорт, а он у него просрочен

Скорее всего, в вашей ситуации самый практичный путь — не “выписка по доверенности”, а снятие сына с регистрационного учета через его самостоятельное заявление с подтверждением личности в цифровом виде. Если это удастся оформить через его учетную запись, ваше право собственности на дом не будет препятствием для продажи.

Но из за просроченного паспорта сына,  могут и отказать, и тогда придется снимать с регистрационного учета через суд ст. 31, 35 ЖК РФ

Самый рабочий вариант — организовать подачу заявления из-за рубежа. Сын может сделать следующее:

Подать заявление о снятии с регистрационного учёта через портал «Госуслуги» (у него есть доступ). 
В заявлении указать, что он находится за границей и не может лично прийти в МВД для проставления штампа.
После того как заявление пройдёт проверку в системе, ему нужно будет заверить подпись на этом заявлении в российском консульстве или дипломатическом представительстве. Иногда также требуется легализация документа (апостиль), если между РФ и страной пребывания нет соответствующего международного договора. 
Затем заверенный документ (вместе с копией паспорта, если это требуется по правилам консульства) сын отправляет вам — ценным письмом с описью вложения или курьерской службой. 
Вы получаете документы и подаёте их в отделение МВД или МФЦ. Сотрудник примет пакет, и сына снимут с учёта.