Здравствуйте, Михаил.
Выплата за ранение и факт СОЧ - это два разных юридических вопроса, и один не автоматически перекрывает другой. Само ранение, если оно получено при исполнении обязанностей военной службы (то есть до момента, как Вы ушли из госпиталя), даёт право на единовременную выплату по ФЗ № 306-ФЗ - от 1 млн до 3 млн рублей в зависимости от тяжести по заключению ВВК, у Вас указано "тяжёлое", значит речь о 3 млн.
Но самовольный уход из госпиталя - это отдельная история, которая может квалифицироваться по ст. 337 УК РФ как самовольное оставление части (если прошло больше 2 суток). На саму выплату за ранение это формально не должно влиять - страховой случай наступил раньше и уже зафиксирован ВВК. Но на практике часть или военкомат могут придержать выплату до разрешения вопроса с СОЧ, а если начнётся дело - придётся отдельно доказывать, что уход был вызван объективными обстоятельствами (например, невозможностью получить лечение на месте), это и есть "стечение тяжёлых обстоятельств" из примечания к статье.
Тут важно понимать разницу: получение выплаты и уголовная/дисциплинарная ответственность за СОЧ - параллельные процессы, один не исключает другого автоматически, но статус "в бегах" сильно тормозит бюрократию по выплатам.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.