Что делать, если при проверке обнаружен вваренный VIN на автомобиле?

Сразу оговорю важный момент: то, что инспектор при постановке на учёт три года назад не заметил вварку, — это хороший знак. Это аргумент в вашу пользу: он показывает, что вы действовали добросовестно, не скрывали проблему. Но это не отменяет проблемы сейчас — обнаружение признаков изменения маркировки в любой момент является основанием для прекращения регистрации. То есть ГИБДД может вынести решение о прекращении учёта, номера и СТС признают недействительными, и на машине нельзя будет легально ездить. 
Что делать дальше
Запросите официальное заключение. Когда инспектор выявит проблему, он оформит документы (акт осмотра, постановление). Вам нужно получить письменное заключение экспертизы — особенно важно, какие формулировки там будут (например, «следы изменения», «вварена деталь», «подлинность номера подтверждена»). От этого будет зависеть дальнейший путь. 
Пройдите криминалистическую экспертизу. Её могут назначить и по инициативе ГИБДД, и вы можете инициировать её самостоятельно. Задача эксперта — выяснить: действительно ли номер изменили преступным путём, есть ли у вас умысел (статья 326 УК РФ), или повреждение произошло по другим причинам (ремонт, коррозия). Если экспертиза подтвердит, что номер не подделывали, а вварка была частью ремонта (и есть подтверждающие документы — акты из сервиса, чеки), шансы сохранить регистрацию выше. 
Если экспертиза не нашла криминала (номер оригинальный, просто деталь заменили), закон предусматривает процедуру нанесения дополнительной маркировки. После этого в ГИБДД поставят специальные пломбы на детали с VIN, и вы сможете зарегистрировать авто с новым номером. 
Если есть подозрения на мошенничество (например, вварку сделали до продажи, чтобы скрыть криминальное прошлое), обратитесь в полицию с заявлением о мошенничестве (ст. 159 УК РФ). Приложите все документы по сделке — это поможет зафиксировать факт.
Подумайте о споре с продавцом. Если вварка была до вашей покупки, это существенный недостаток товара. У вас есть право направить продавцу письменную претензию с требованием расторгнуть договор и вернуть деньги либо возместить убытки. Сохраните всю переписку, договор, платёжные документы — это пригодится. 
Обжалуйте решение ГИБДД, если оно вас не устроит. Можно подать жалобу начальнику подразделения или обратиться в суд. 
Несколько советов
Не пытайтесь самостоятельно «исправить» VIN — гравировать, ставить новые таблички или зачищать швы. Это только усугубит ситуацию и может быть расценено как умышленное вмешательство. drom.ru
Сохраняйте все документы и чеки — они станут доказательной базой. 
В такой ситуации очень полезно проконсультироваться с автоюристом: специалист поможет грамотно выстроить позицию, собрать доказательства и отстоять ваши права. 
Главное сейчас — не паниковать и действовать последовательно: зафиксировать проблему, пройти экспертизу, оценить правовые последствия и при необходимости обжаловать решение.