Здравствуйте!
Если штамп о въезде не был проставлен по ошибке сотрудника пограничной службы, то само по себе это не означает, что вы нарушили миграционное законодательство. Тем более, если вы уже оформили миграционный учет (регистрацию) в Челябинске, это подтверждает, что ваше пребывание было оформлено.
Однако требование сотрудников по вопросам гражданства объяснимо, поскольку отметка о въезде в миграционной карте является одним из подтверждений законного въезда.
При этом я бы не рекомендовал сразу ехать пересекать границу. Сначала стоит обратиться в подразделение по вопросам миграции МВД по месту регистрации с письменным заявлением о том, что отметка о въезде отсутствует по независящим от вас причинам. Закон предусматривает возможность выдачи дубликата миграционной карты или оформления документов при отсутствии отметки о въезде, если это произошло не по вине иностранного гражданина.
Если же сотрудники МВД все же настаивают именно на выезде и повторном въезде, то обычно проблем на границе из-за отсутствия штампа не возникает, если ваш въезд был законным, срок пребывания не нарушен и все остальные документы в порядке. При необходимости пограничники могут проверить сведения о вашем въезде по своим электронным базам.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!