Уважаемый Владимир, здравствуйте!
Однозначно сказать, правомерен ли перерасчет, без изучения кредитного договора, индивидуальных условий, правил программы сельской ипотеки и переписки с банком нельзя. Основное значение имеет формулировка обязанности по регистрации: с какого момента Вы должны были зарегистрироваться, какой срок установлен для подтверждения регистрации и предусмотрено ли прямо повышение ставки либо перерасчет процентов за период нарушения.
По статье 309 ГК РФ обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями договора и требованиями закона.
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/1cd43e51fbd4129343b325971a466ec5cd32a425/
Согласно статье 310 ГК РФ одностороннее изменение условий обязательства по общему правилу не допускается, кроме случаев, предусмотренных законом или договором.
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/33c65ab7522b599d12e61cc848aebcd09e651f9c/
Статья 432 ГК РФ также подтверждает, что согласованные сторонами существенные условия договора определяют содержание обязательств.
Договор считается заключенным, если между сторонами, в требуемой в подлежащих случаях форме, достигнуто соглашение по всем существенным условиям договора.
Существенными являются условия о предмете договора, условия, которые названы в законе или иных правовых актах как существенные или необходимые для договоров данного вида, а также все те условия, относительно которых по заявлению одной из сторон должно быть достигнуто соглашение
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_5142/adbefccc8d538d42038164bb81d886c76e719d63/
Поэтому банк вправе применить обычную ставку за период отсутствия регистрации только при наличии в подписанных Вами документах ясного условия о таком последствии и порядке перерасчета. Самого устного сообщения менеджера недостаточно.
То, что банк выявил нарушение в 2023 году, принял документы о регистрации и сообщил, что вопрос урегулирован, имеет значение. По пункту 3 статьи 1 и статье 10 ГК РФ участники гражданских правоотношений должны действовать добросовестно, а злоупотребление правом не допускается.
Запросите у банка письменное уведомление со ссылками на конкретные пункты договора и правил программы, подробный расчет, период перерасчета и правовое основание. После получения документов нужно изучить условия ипотеки.
С уважением.