С точки зрения закона заменить договор в ГАИ нельзя. Но вы можете подписать с покупателем дополнительное соглашение к договору, с датой после регистрации ТС в ГАИ, в котором уменьшить стоимость авто, по причине например выявленных недостатков в ходе эксплуатации, сколы по кузову, шумность при езде, увеличенный расход топлива, от объявленного продавцов, двигатель ест масло и т.п., к данному соглашению необходима будет расписка в получении возвращенных денег. Таким образом Ваша налогооблагаемая база будет уменьшена, так как денежные средства фактически полученные по договору будут уменьшены.