Безусловно Вам необходимо обжаловать первичное решение налогового органа, ведь оно несет для Вас неблагоприятные последствия.
Обращаю внимание, что Налоговым кодексом РФ предусмотрен обязательный досудебный порядок обжалования решений в вышестоящий налоговый орган перед подаче в суд (что вы и сделали).
Так, в силу п. 2 ст. 138 Налогового кодекса РФ акты налоговых органов ненормативного характера, действия или бездействие их должностных лиц (за исключением актов ненормативного характера, принятых по итогам рассмотрения жалоб, апелляционных жалоб, актов ненормативного характера федерального органа исполнительной власти, уполномоченного по контролю и надзору в области налогов и сборов, действий или бездействия его должностных лиц) могут быть обжалованы в судебном порядке только после их обжалования в вышестоящий налоговый орган в порядке, предусмотренном настоящим Кодексом.
Обжалование в вышестоящий налоговый орган происходит в порядке, установленном Налоговым кодексом РФ путем подачи жалобы или апелляционной жалобы.
После отказа вышестоящего налогового органа, для подачи жалобы в суд у Вас есть 3 месяца в соответствии с Арбитражным процессуальным кодексом РФ.
Так, в силу ст.198 АПК РФ заявление может быть подано в арбитражный суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации стало известно о нарушении их прав и законных интересов, если иное не установлено федеральным законом. Пропущенный по уважительной причине срок подачи заявления может быть восстановлен судом.
Отвечая на Ваш вопрос:
Что нам следует обжаловать – только решение межрайонной налоговой инспекции или оба акта ИФНС
Можно порекомендовать Вам обжаловать первичное решение, но также Вам необходимо будет приложить решение вышестоящего налогового органа для подтверждения соблюдения досудебного порядка урегулирования спора, предусмотренного ст. 139, 139.1 Налогового кодекса РФ. Обжаловать, то есть писать в просительной части требование признать решение вышестоящего налогового органа незаконным необходимости нет.
Удачи Вам, будут вопросы — готов ответить, пишите в чат.