Уважаемая Марина,
Безусловно лицензионный договор (договор о предоставлении права использования товарного знака) подлежит регистрации. Регистрация осуществляется в Роспатенте.
Государственная пошлина за регистрацию лицензионного договора единовременно уплачивается в размере 13500 рублей (согласно Положению о патентных и иных пошлинах за совершение юридически значимых действий , в ред. Постановлений Правительства РФ от 15.09.2011 №781, от 14.11.2013 №1023).
Кто будет оплачивать расходы по регистрации зависит от вашей договоренности с контрагентом (может оплатить как лицензиар, так и лицензиат), и согласовывается сторонами в самом тексте лицензионного договора.
Само заявление обычно подается и подписывается той стороной, которая оплачивает расходы по пошлине, это может быть любая сторона лицензионного договора.
Обратите внимание, что в лицензионном договоре целесообразно предусмотреть следующее
вид лицензии
исключительная (у лицензиара не сохраняется право выдачи лицензии другим лицам)
неисключительная (у лицензиара сохраняется право выдачи лицензии другим лицам)
территория использования товарного знака
срок
срок, на который передается право (не может превышать срок действия товарного знака)
размер платежей, периодичность оплаты
сторона, которая оплачивает расходы по оплате государственной пошлины за регистрацию договора