Как обезопасить себя от неоплаты Заказчиком?

КС-2 и КС-3 не выставляли, так как в договоре прописано что акт приема-сдачи работ оформляется после выполнения всех работ по договору.

Направляйте претензию и подавайте иск в суд.

Ваш контрагент обязан его оплатить.

Вопросы: 1) Будет ли достаточным в суде документа «накладная передачи» для предъявления долга заказчику, если в договоре прописано что акт сдачи приемки работ оформляется после выполнения всех работ по договору, те и 1ого, и 2ого этапов. 

Если КС-2 и КС-3 оформлялись, то будет достаточно.

2) как снять с себя обязанность выполнения 2ого этапа при неуплате Заказчиком 1 этапа?

Статья 712. Право подрядчика на удержание

Путеводитель по судебной практике (высшие суды и арбитражные суды округов) по ст. 712 ГК РФ >>>

При неисполнении заказчиком обязанности уплатить установленную цену либо иную сумму, причитающуюся подрядчику в связи с выполнением договора подряда, подрядчик имеет право на удержание в соответствии со статьями 359 и 360 настоящего Кодекса результата работ, а также принадлежащих заказчику оборудования, переданной для переработки (обработки) вещи, остатка неиспользованного материала и другого оказавшегося у него имущества заказчика до уплаты заказчиком соответствующих сумм.

Статья 719. Неисполнение заказчиком встречных обязанностей по договору подряда

Путеводитель по судебной практике (высшие суды и арбитражные суды округов) по ст. 719 ГК РФ >>>

1. Подрядчик вправе не приступать к работе, а начатую работу приостановить в случаях, когда нарушение заказчиком своих обязанностей по договору подряда, в частности непредоставление материала, оборудования, технической документации или подлежащей переработке (обработке) вещи, препятствует исполнению договора подрядчиком, а также при наличии обстоятельств, очевидно свидетельствующих о том, что исполнение указанных обязанностей не будет произведено в установленный срок (статья 328).

2. Если иное не предусмотрено договором подряда, подрядчик при наличии обстоятельств, указанных в пункте 1 настоящей статьи, вправе отказаться от исполнения договора и потребовать возмещения убытков.

Попробуйте пообщаться с их руководством.

Скажите что не передадите им результат работ. Исходя из норм ГК и Вашего договора, второй этап работ Вы обязаны сделать, либо Вам придется расторгать договор, в связи с существенными его нарушениями.

ст.450 гк рф.

1. Изменение и расторжение договора возможны по соглашению сторон, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, другими законами или договором.

2. По требованию одной из сторон договор может быть изменен или расторгнут по решению суда только:

1) при существенном нарушении договора другой стороной;
2) в иных случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами или договором.

Существенным признается нарушение договора одной из сторон, которое влечет для другой стороны такой ущерб, что она в значительной степени лишается того, на что была вправе рассчитывать при заключении договора.

3. В случае одностороннего отказа от исполнения договора полностью или частично, когда такой отказ допускается законом или соглашением сторон, договор считается соответственно расторгнутым или измененным.