Уважаемый Алексей!
Конечно штраф с Вас брать не за что, так как Ваш сын имеет регистрацию по месту жительства с момента рождения. Сотрудники паспортного стола просто забыли поставить штамп, за штамп штрафы не берутся… Штраф выписывают только за проживание гражданина Российской Федерации по месту пребывания или по месту жительства в жилом помещении без регистрации.
Вы запишитесь на прием к начальнику паспортного стола, и попробуйте решить ситуацию миром. Поясните ему, что Вы имеете право ожидать от Паспортного стола, что они выполняют свою работу добросовестно, поэтому также имеете право при получении паспорта не вчитываться в каждую закорючку в паспорте — вдруг ошиблись работники, так как полностью доверяете работникам паспортного стола. Спокойно и конструктивно объясните ему всю ситуацию и спросите у него — что Вам делать и с чего начать? Если не договоритесь с ним, пишите жалобу в суд.
Желаю удачи!