Здравствуйте.
Апелляционную жалобу вы можете подать только в течение десяти суток со дня вручения или получения копии постановления в районный суд по месту совершения административного правонарушения.
Только непонятно из вашего вопроса: почему ГАИ утверждает, что был приказ с Москвы лишать всех? Лишить права управления может только суд. Если Вы ходили в суд, то там надо было приводить доводы, указанные в вашем вопросе, чтоб судья ограничился только штрафом. Не расстраивайтесь, это не поздно сделать и в суде второй инстанции.
Подавайте жалобу и не слушайте сотрудников ГИБДД, в попытке вернуть себе водительское удостоверение смысл есть.
С уважением...