Здравствуйте.
Если вы хотите уволиться по окончанию контракта, то действия командования, связанные с отказом в принятии рапорта на увольнение по окончанию контракта — незаконные.
Они должны принять рапорт, провести беседу, представить к увольнению с военной службы по окончанию контракта, а после того, как поступит выписка вышестоящего должностного лица издать приказ по строевой части о предоставлении времени для сдачи дел и должности и об исключении военного из списков личного состава части.
В случае обнаружения каких-либо недостач, вопрос привлечения военного (бывшего военного) к материальной ответственности решается в порядке, установленном ФЗ «О материальной отвественности военнослужащих».