Каким образом сейчас можно зачесть перечисленную сумму в счет официальных алиментных платежей?

Анатолий! Такая возможность при всем желании не предусмотрена законом. Алименты присуждаются со дня обращения в суд. До этого момента Вы несете обязанность по содержанию детей и можете ее добровольно исполнять,  либо не исполнять. 

Вы в данном случае эту обязанность исполнили,  при этом никакого соглашения об уплате алиментов между сторонами не имелось. 

Таким образом,  зачесть ранее перечисленную сумму в счет присужденных алиментов не представляется возможным, т. к. присуждение алиментов в долях к заработку не может говорить о том,  что они должны были перечисляться в долях и до принятия судебного решения. 

Во всяком случае,  Вы вправе обратиться с документами подтверждающими перечисление денежной суммы на счет бывшей супруги с заявление о зачете этой суммы в счет периодических платежей. Но,  однозначно судебный пристав-исполнитель пояснит Вам тоже самое. Обращение в суд также не принесет успеха. 

Если бывшая супруга сама согласна на зачет суммы,  то достаточно расписки о том,  что денежную сумму в счет алиментов за период времени получила в полном объеме. Её отдаете судебному приставу-исполнителю,  он производит перерасчет.