Министерство внутренних дел и Министерство юстиции — два разных министерства, между ними нет отношений подчиненности. И как ЭКЦ МВД, так и ЭУ Минюста имеют право проведения экспертизы. Повторная экспертиза может быть назначена в том случае, если у следствия (суда) возникли сомнения в выводах, в компетенции эксперта, а так же при наличии оснований предполагать заинтересованность эксперта. Повторная экспертиза проводится по тем же вопросам, что изначальная. Возможно так же проведение дополнительной экспертизы — уже по новым вопросам, иным, чем были заданы при первоначальном назначении экспертизы.
Обжаловать назначение повторной (дополнительной) экспертизы можно по общим правилам того процесса, в котором она проводится — уголовном, гражданском или арбитражном — одной из сторон по делу.