Как снять собственнику жилья временного зарегистрированного?

В паспортном столе Вам сказали глупость. По истечении срока временной регистрации он автоматически считается незарегистрированным (не прописанным временно) в Вашей квартире. Если вдруг его будут продолжать числить «временно прописанным» 9правильно зарегистрированным по месту пребывания) или даже «постоянно прописанным» (правильно зарегистрированным по месту жительства), подайте жалобы в прокуратуру и УФМС региона. Удачи. . 

Здравствуйте, Яна!

Правила регистрации и снятия граждан РФ с рег.учета по месту пребывания и по месту жительства в пределах РФ" 

30. Граждане считаются снятыми с регистрационного учета по месту
пребывания в жилых помещениях, не являющихся местом их жительства, по
истечении сроков, указанных в их заявлениях о регистрации по месту
пребывания, а в гостиницах, санаториях, домах отдыха, пансионатах,
кемпингах, больницах, на туристских базах и в иных подобных учреждениях — по их выбытии.
(в ред. Постановления Правительства РФ от 14.08.2002 N 599)
При
досрочном убытии гражданина из жилого помещения, не являющегося его
местом жительства, этот гражданин либо лицо, предоставившее ему жилое
помещение для временного проживания, обращается с заявлением в
произвольной форме о снятии его с регистрационного учета по месту
пребывания с указанием даты убытия (если такая дата известна) либо
направляет заявление почтовым отправлением или через Единый портал в
орган регистрационного учета, который производил регистрацию по месту
пребывания этого гражданина.
(абзац введен Постановлением Правительства РФ от 11.11.2010 N 885)

Если в паспортном столе отказываются — можно обратиться в прокуратуру или в суд.

В такой ситуации надо подавать в суд исковое заявление о снятии с регистрационного учета.