Можно предположить, что договор купли-продажи автомобиля заключали Вы, в связи с чем автомобиль и должен при его поступлении оформляться на Вас. Вместе с тем, из вопроса непонятно, с чего бы это начальник предложил Вам оплату осуществить со счета организации? Накаких условиях Вам предлагается это сделать — ссуда, займ, или же будут перечисляться заработанные Вами деньги? Без ответов на эти вопросы дать Вам более полную консультацию невозможно. Проблема в том, что если организация будет перчислять деньги за Вас, то между Вами и организацией должны быть четкие договорные условия оплаты, погашения Вами оплаченных за Вас денег, принадлежности машины, за которую будет оплата.