Ответственность по контракту

Доброго времени суток. Зарегистрирован как ИП, работаем в основном по тендерам. Ситуация следующая.

Есть госзаказчик который проводит аукцион. Осуществляется закупка оборудования для одного из подразделений заказчика. По условиям исполнения контракта мы (в случае победы на аукционе) будем осуществлять поставку по заявкам заказчика(заказчик дает заявку на поставку первой части оборудования - мы поставляем, заказчик оплачивает первую часть поставки и дает заявку на вторую часть - мы поставляем и т.д. ), то есть в несколько этапов (предварительная договоренность с руководством подразделения заказчика о такое схеме уже есть).

Мы можем выполнить свои обязательства только по такой схеме, но здесь перед нами возникает риск нарушить условия контракта в части соблюдения срока исполнения обязательств, в случае если после поставки первой части (или какой-то другой, кроме последней) заказчик эту часть нам не оплатит или сильно затянет с оплатой. Мы предложили прописать в контракте обязанность заказчика производить выплаты после поставки каждой части в течении определенного(небольшого) срока, но "ТЕНДЕРНЫЙ" ОТДЕЛ наотрез отказался ссылаясь на законодательство, при этом конкретной статьи закона не указал. В результате по такому контракту они вообще в процессе исполнения могут отказаться оплачивать частями и сказать - мол оплатим все сразу, и тогда мы лишимся возможности выполнить свои обязательства в полной мере со всем вытекающими от сюда и плачевными для нас последствиями.

Руководство же подразделения для которого осуществляется закупка заинтересовано в том что бы мы участвовали и выиграли аукцион (так, как на этапе подготовки закупки мы оказывали им очень значительную экспертную помощь, разумеется на безвозмездной основе и при этом гарантировали что поставим именно то оборудование которое они хотят, а не какое-нибудь более дешёвое и низкого качества, но подходящее по параметрам).

Понятно, что аукцион - есть аукцион, и выиграть его может кто угодно, но для того что бы мы хотя бы смогли принять в нем участие руководство этого подразделения, помимо устных обещаний осуществить выплаты вовремя, предложило заключить ещё один (самостоятельный или как дополнение к контракту) договор, но уже на прямую с ними (с подразделением для которого производится закупка а не через контрактный/тендерный отдел), в котором прописать их обязательства и ответственность в части своевременной оплаты по оговоренной схеме.

Вопрос собственно в следующем: Будет ли иметь юридическую силу такой договор??? или на нашу ответственность перед заказчиком по 44 ФЗ он никак не повлияет???