Скорее всего, отказ списать пени был вызван тем, что они, как и налог были начислены на основании решения налогового органа по результатам камеральной проверки Вашей декларации, вступившего в законную силу.
Однако, Пленум ВАС РФ в постановлении №57 от 30.07.2013 г. п.44 разъяснил, что по смыслу статей 101 и 101.4 НК РФ после вынесения решения о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения либо решения об отказе в привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения руководитель (заместитель руководителя) налогового органа не вправе вносить в это решение изменения, ухудшающие положение лица, в отношении которого такое решение было вынесено, за исключением исправления описок, опечаток и арифметических ошибок.
В то же время следует признать допустимым внесение налоговым органом в названные решения изменений, а также полную их отмену, если это влечет улучшение положения налогоплательщика.
Налоговые органы ряда регионов активно применяют такую практику в целях избежания судебных разбирательств.
Кроме того, всегда есть возможность обжалования решения о доначислении налога и пени, особенно, если к Вашей первичной декларации были приложены документы (н/р договор купли-продажи) с реальной стоимостью машины. Если камеральной налоговой проверкой выявлены ошибки в налоговой декларации и (или) противоречия между сведениями, содержащимися в представленных документах, либо выявлены несоответствия сведений, представленных налогоплательщиком, сведениям, содержащимся в документах, имеющихся у налогового органа, и полученным им в ходе налогового контроля, налоговый орган обязан сообщить об этом налогоплательщику с требованием представить в течение пяти дней необходимые пояснения или внести соответствующие исправления в установленный срок. При отсутствии документов Инспекция не могла знать о том, за какую сумму Вы продали автомобиль и взяла за реальную стоимость сумму, указанную Вами в декларации.
