Как сделать, чтобы ответчик оплатил нотариально заверенный документ?

Это регулируется нормами Гражданского процессуального кодекса РФ, а именно:

Статья 88. Судебные расходы

1. Судебные расходы состоят из государственной пошлины и издержек, связанных с рассмотрением дела.
2. Размер и порядок уплаты государственной пошлины устанавливаются федеральными законами о налогах и сборах.

Можно свои требования о возмещении судебных расходов дополнить к исковым требованиям и суд вынесет определение.