Какой налог платить продажа недвижимости ИП или физ. Лицо

Так как имущество использовалось для предпринимательской деятельности то заявлять его надо как ИП. Три года в данном случае значения не имеют. Имущественный вычет по НДФЛ в этом случае не применяется. Имущественным вычетом ИП вправе
воспользоваться только в отношении доходов от продажи имущества, не
связанного с осу­ществлением предпринимательской деятельности. (пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ) 

Однако, ст. 221 НК РФ
предоставляет ИП  право на получение профессионального налогового вычета по доходам от осу­ществления
предпринимательской деятельности.  ИП имеют возможность получить такой вычет в сумме
фактически произведенных и документально подтвержденных расходов,
которые непосредственно связаны с из­влечением дохода.

В вашем случае такими расходами может быть дорогостоящий ремонт.

Состав расходов, которые можно принять к вычету определяется аналогично расходам для
целей налогообложения по налогу на прибыль (гла­ва 25 НК РФ)

Если нет возможности документально подтвердить произведенные
расходы, профессиональный налоговый вычет предоставляет­ся по нормативу —
20% от общей суммы полученно­го в данном случае дохода. Для определения налоговой базы по НДФЛ не могут учи­тываться
одновременно документально подтвержден­ные расходы и расходы по
нормативу.

Такой позиции официально придерживаются налоговые органы. (Письмо Минфина России от 06.07.2009 № 03-04-05-01/531)

В то же время арбитражные суды не всегда их в этом поддерживают.

Постановление ФАС Уральского округа от 18.03.2008 № Ф09-11491/07-С2 по делу № А76-5096/07 основывается на том, что вычет при реализации имущества, ранее используемого в предпринимательской
деятельности, может быть предоставлен, так как имущество физиче­ского
лица нельзя разграничить.

Пойти по пути указываемому налоговыми органами или добиваться предоставления вычета в судебном порядке — решать Вам.

Секундочку… Если объект недвижимости оформлен в Вашу собственность как физику, то это одно, а если на ИП, то это другое. Уточните. Скорее всего, Вы оформили его на себя как на физика по брачному договору, поэтому и налог должны платить как физик (имущественный вычет Вам тоже положен как физику). Во взаимоотношениях по ИП Вам надо разобраться только по арендным платежам за период использования этой недвижимости (доход по аренде облагался налогом, есть был такой вид деятельности по ИП, и расходы по арендным платежам самой себе, если УСН доходы минус расходы).