Как снять блокировку с карты при наличии задолженности?

Да, вправе. Стипендия является Вашим доходом и в связи с этим из неё удерживается образовавшаяся задолженность. Вы вправе обратиться в суд с заявлением об отсрочке или о рассрочке исполнения решения суда и в случае удовлетворения такого заявления, Вы сможете оплачивать задолженность определёнными ежемесячными платежами, если это, конечно, будет в Вашем случае актуально. В целом действия банка правильные по списанию поступающих сумм стипендии.