Здравствуйте, Ольга.
Налогоплательщик обязан отказаться от применения УСН с начала того квартала, в котором произошло превышение доходов, не допускающее дальнейшее применение УСН.
При этом штрафы и пени за несвоевременное перечисление налогов (авансовых платежей) не уплачиваются, если организация перешла на ОСНО в срок предусмотренный законом. Это установлено пунктом 4 ст. 346.13 НК РФ. Аналогичные разъяснения содержатся в письме Минфина России от 14 июля 2015 г. № 03-11-09/40378, которое было доведено до сведения налоговых инспекций письмом ФНС России от 12 августа 2015 г. № ГД-4-3/14234.
Иными словами ваша организация должна была перейти на общий режим налогообложения с 4 квартала 2014.
Подумайте над смягчающими обстоятельствами. Грамотно составленное ХОДАТАЙСТВО об учете обстоятельств, смягчающих ответственность за совершение налогового правонарушения и снижении штрафных санкций, по акту выездной налоговой проверки, поможет значительно снизить сумму штрафа.